A jogabilidade de Cuphead se resume a principalmente batalhas com chefes em diferentes níveis. Cada chefe no jogo é verdadeiramente único. Cada um tem seus próprios ataques e é necessário que os jogadores selecionem uma tática específica. Todos os chefes do jogo estão apresentados na lista abaixo.
Esse é normalmente o primeiro nível de chefe em que os jogadores entram quando jogam Cuphead, é o nível mais simples de se derrotar, nele, nós devemos lutar contra os membros da Máfia da Raízes. Esse também é um dos níveis iniciais do jogo.
Nesse nível o jogador deve lutar contra Il Melecone, esse é um dos níveis mais fáceis, é basicamente um tutorial para o jogador aprender á desviar melhor. Esse também é um dos níveis iniciais do jogo.
Nesse nível o jogador deve lutar contra os irmãos sapos, Escoaxo e Sopapo, o jogador consegue desbloquear esse nível depois de derrotar a Máfia das Raízes.
Esse é o primeiro nível de avião do jogo, nesse nível o jogador luta com Geni Buarque e o jogador desbloqueia esse nível depois de derrotar Il Melecone, é um dos níveis mais difíceis de Ilha Tinteiro I.
Nesse nível o jogador deve lutar contra Cactônio Spinoza, depois que o jogador completa este nível, a Casa da Morte é desbloqueada.